残念ながら、公正証書に離婚の同意があっても、離婚を成立させることは出来ません。
離婚は、役所に離婚届を提出することによって成立します。

細かく言うと、離婚届を提出する際に、提出する意思があって成立するものなのです。離婚の意思ではなく、離婚届「提出」の意思が必要です。また、原状態では離婚は成立していませんので、親権者も確定していません。親権者も離婚届の親権者欄に記載し、提出してから確定します。

離婚は身分上の行為ですので、過去に同意があっても、それをもって強制することは出来ません。

となると、公正証書の効力も離婚まで停止している状態だと考えられますので、まずは、離婚について再度夫と協議（話し合い）するか、離婚調停を申し立てるかして、離婚を成立させなければいけないでしょう。